Es el año 2001, la mitad de la tierra está sumergida por el ataque de un ser extraño calificado como ángel (apóstol) que derritió el polo norte aumentando el nivel del mar.
En el año 2015 se acerca un objeto no identificado con gran rapidez que resiste a todas las armas convencionales lanzados por los humanos. Este es el tercer ataque de los ángeles enviados a por dios que se esconde en el "cielo" y que solo lo podrá detener Nerv
Nerv es una organización encargada al estudio de los ángeles que posee la única arma capaz de eliminar a los ángeles de la faz de la tierra, se trata de los evangelions, robots gigantescos, que solo un grupo de jóvenes elegidos podrá pilotar